灵魂，是许多宗教的说法，认为人有一个永远存在、不变的精神实体，人死后，仍然有自我意识，有一个清清楚楚的精神生命。佛教则认为人的生命由身、心和合，而人心，机理极其复杂精妙、功用极其繁多神奇。如果将人心比喻为一座冰山，前六识（眼识、耳识、鼻识、舌识、身识、意识）只是这座冰山露出海面的一小部分，而第七、第八识（灵魂）就像这座冰山深藏海中的部分，现代心理学将之称为潜意识、无意识。
第八识又称之为神识、阿赖耶识，它随时在输入、储藏、处理、输出一切信息，是恒常活动不息、内涵不断变化如瀑布的生命之流。它隐藏于内心深处，微细难知，如同虚空，既非是有，无形无相；也非是无，其作用明显：在熟睡、昏迷、被麻醉、处胎等情况下，如果没有阿赖耶识，是谁在起着维持生理活动的作用？为什么遗忘几十年的印象又能突然浮现在脑海？它们储藏在哪里？阿赖耶识是一种功能性存在，不是实体，用现代物理学的观念说，它可能是场态，一种特殊的能量场，一种信息波集合体。
阿赖耶识的运作不仅贯彻人的一生，还贯彻过去、现在、未来三世。它是无情的、公正的心灵电脑，每个人的性格、爱好、天赋、吉凶、运气、免疫力、寿夭等，都储存在这里，这就是所谓的灵魂密码、基因密码。思维只不过是灵魂密码支配下的程序运算。
脑科学、神经科学的实验证明，移动一根手指之类的活动，在意识到需要移动它的半秒钟之前就开始了，说明“无意识”在意识之前进行筹划。大脑处理信息的大部分过程是由无意识自动进行的，人的判断受到已经存在于无意识中的潜在信息的影响。
从系统结构来看，人和计算机的基本架构类似，计算机有硬件、应用软件和系统软件三个部分，人体也有身、心、灵三个部分。无论是现代或未来高超的解剖技术，都不可能在人体找出心识和灵魂存在的物质证据，但并不能就此否定心识和灵魂的存在，就像解剖计算机无法证明软件的存在一样。
所以就理上说，神识与灵魂，有本质上的不同，它不是固定不变的精神实体；如从事上说，则都显示“死后生命不灭”之理，故随俗使用“灵魂”一词。生命毕竟不同于单纯的物质，生命的表现就是精神——灵魂指导下的肉体活动。离开灵魂的内涵，躯体只是一团肉、一具尸。灵魂回到你身里，你才成为能思、能说、能动的活人。
现代流行“人死永灭”“没有灵魂”，他们认为精神活动只是大脑的功能，大脑坏了，心智功能就丧失。所以认为是大脑产生了心智，而不是灵魂。这样的论调在逻辑推理上，不甚妥当。如果灵魂必须通过大脑，才能对外表现心智功能。那么大脑坏了，只是灵魂对外的联络管道坏了，并不能证明“没有灵魂”。就像电话打不通的时候，往往是电话线断了，并不是电话机的问题。
说精神完全是大脑神经活动的作用，面临着一类特异现象的挑战：如世界上现有的几十名“无脑人”（脑中唯脑脊液），其智商反而普遍偏高；脑手术案例表明：切除大脑皮质一半，并不影响意识。何况仅依据精神活动和脑神经活动有极密切的联系，并不足以断言死后精神活动停止。
当代脑科学权威、诺贝尔医学奖获得者C·艾克尔斯教授，通过多年实验研究，得出结论：“神经细胞彼此之间有无形的沟通物质，这就是灵魂的构成……它控制着大脑，就好比人脑指挥电脑，它使大脑内的脑神经细胞发动工作，这种非物质的‘识我’，在肉体大脑死亡之后，仍然存在并仍能有生命活动形态，可以永生不灭。”
美国加州工学院著名神经生理学家史柏理博士，曾经以其分解人类大脑两半球的详细功能学说而获1981年诺贝尔医学奖。他说：“人的自我是一种崭新的必要的非物质，只出现于复杂分层结构组织的肉体大脑，控制着大脑的每部分，制约着合计一百亿个脑神经细胞的机械功能的本能活动。”
西方科学界怎么证实灵魂的存在？——“濒死体验研究”与“灵魂脱体经验研究”。
临床死过已相当长时间、大脑功能消失的患者重新恢复了生命，他们往往能够讲述在另一个世界的短暂旅行中，经历的奇特遭遇，还能够讲出病房里所发生的一切。他们能准确地说出参加急救的医护人员的数目，一字不漏地说出他们之间的谈话，描述出急救小组所采用的方法。其准确程度说明这不可能是梦境，也不是什么幻象，生下来就是盲人的濒死体验者自述在离体经历中看见了抢救自己的医护人员和其他一些人与事物。这说明在人的机体没有生命活动之后，在人的身上还有某种意识形式东西的存在；这种存在可能构成了死亡后生命的第一个根据。详见美国赵蔚阳博士著《神秘的生命灵光》。海南出版社出版发行。1999年2月第一版。
脱体经验：“一个人似乎从身外的角度知觉世界并常常报告说看到了自己躯体的一种经验”（《心灵学》523页）。古籍中所载神游、魂游、入冥、出神、灵魂出窍等，及许多濒死体验，都可以看作脱体经验一类。西方有关方面的专家用多种方法对脱体经验作了探测研究。对一些能随意进入脱体经验的人用各种仪器测试的结果表明，心率、脑电图、眼动等生理指数都逐渐发生了变化，然与睡眠和作梦时的这些生理指数有别，说明脱体经验并非在睡眠中发生。
第一个以科学的实验证实灵魂存在的，是英国医生山姆。帕尼尔博士。他用一个木板，上面放了一些小物品，吊在濒死的人病床手术台的上方天花板上。病人是看不到这些小物品的。其理论是，假如病人有灵魂，在昏死过去之后灵魂会飘到上方，能够看到板子上面放的是什么东西。等他苏醒过来之后，能够告诉医生，这就证实了他有灵魂。只要有一个人能够说得出来，那就证实真的有灵魂。帕尼尔医生对一百多个病人进行这样的实验，只有七位，经历了濒死体验灵魂脱体以后，他们能够准确说出木板上放的小物品是什么。
美国加州大学查尔斯。塔特博士，他也用科学的实验证实灵魂的存在。他先在纸条上打印五位随机数字，然后将纸条放在实验室一个很高的架子上，再让能够灵魂出体的健康人进实验室躺在床上。如果实验者的灵魂出体，能够看到这个纸条上所写的五位随机数字，等灵魂归位后能够说出来，这样就证实了灵魂的存在。这个实验反复地进行，五位数字不断变换，每次实验者都能够准确地说出。从这些实验得到一个结论：灵魂确实是存在的。
意大利学者马协娄。巴希博士，组织心理学的专家学者、电子工程师、志愿的研究对象——刚刚死去孩子的母亲在晚上进行实验。他用电子管收音设备，每次都能够收录不同的灵性讲话，还能与死者对话。这是真实的科研实验。这些事实应可充分肯定灵界人物（灵魂）的存在性。
有的人记得前世，古希腊著名哲人毕达哥拉斯自忆灵魂在几个人身上轮回了二百零九年，并见其友人死后转生为狗。1956年出生于土耳其的男孩伊士迈记忆前世的奇闻，曾轰动世界。这一专题的学术著作就有数百本，《轮回生死论》《东西方轮回事记汇编》《灵魂转世》等。以及中国的《西藏生死书》《因果轮回实录》《生与死》《人类神秘现象破译》等等。
许多人在催眠的过程中，能描绘前世的人、事、物。经过查证，许多案例确有其人其事。如美国李亚伦只读过十年级，催眠状态下，说古埃及的语言，写下古埃及的文字，说自己是埃及法老卡立克拉特斯，后来研究埃及学的学者，证实李亚伦写的确实是古埃及文字，历史上真的有这位法老。
《晋书·阮瞻传》：瞻善辩，不信鬼，有客与他辩。客败，现鬼形而灭，瞻精神崩溃，病故。广西电影制片厂在拍摄《周恩来》的过程中，屡屡出现不可思议的神秘现象，导演丁荫楠频频嗟叹：“总理有灵，天助我也！”
08年汶川地震，救灾志愿者回成都后，深夜，总听到屋里有人哭。有的梦到遇难者说：“为什么死的是我，不是你？！”军医出身的著名作家毕淑敏的报告文学《预约死亡》：医护人员亲眼看见临终安养医院死去的人深夜在一起跳舞。09年夏笔者生病住院，同室病友讲：几乎每夜11点后，我不敢睡，一合眼，就有两个阴人来拉我。管床医师讲：一个重病患半夜死后，尸体还在床上，在楼梯口我却看见她的背影轻飘飘往外走。《荣格自传》载著名心理学家亲历的闹鬼事件……
《心灵学》一书总结一百多年来魂灵调查的成果说：“看来无可置疑，正常、健康的人们的确会偶然看见魂灵，只有白痴才会否认这些事实。”